تعددت الروايات حول أصول تسمية المدينة؛ فقد ذكرت بعضها أن أصل التسمية جاء من الكلمة الرومانية (بيت انيا) وتعني (بيت الزهرة الجميلة)، وفي رواية ثانية أنها سُمّيت على اسم قديسة يونانية اسمها (اونيا) سكنت الموقع في قديم الزمن، وكان الناس يدلون على الموقع نسبة إلى بيتها.
وذكر "مصطفى مراد الدباغ" في كتابه بلادنا فلسطين أن التسمية لعلها تتألف من (بيت - ثونيا) بمعنى بيت الشخص المسمى (ثونيا) أو (طوني)، وأن الفرنجة (الصليبيين) سموها (بيتومين).
وكلمة بيتونيا تطلق على اسم زهرة برية جميلة، وهي من الأزهار الموسمية التي تكثر في فلسطين، وتأتي على طيف واسع من الألوان، وأحيانا تأتي موشحة بأكثر من لون، وتعيش هذه الزهرة من سنة إلى ثلاث سنوات، يبلغ ارتفاعها أقل من ثلاثين سم، وبعض أصنافها "مداد" بحيث يصل طولها بحدود نصف متر، وتزرع على شكل بذور، أو شتلات، وكثيرا ما نراها تزين الحدائق المنزلية. وقد احتلت هذه الزهرة الرائعة المرتبة الأولى ضمن قائمة الأزهار الأجمل والأكثر تداولا في أمريكا لأكثر من سنة.
